Entretanto, se você usa sistemas operacionais diferentes, é preciso ficar de olho na hora de formatar o dispositivo, para que ele seja compatível com sistemas Windows, Linux ou Mac. Para isso, basta seguir uma regrinha básica, que faz toda a diferença.
FAT32
Na hora de formatar um pendrive, você pode escolher entre diferentes padrões, cada um com suas vantagens e desvantagens. Porém, se você quer que seu compartilhamento de dados funcione em qualquer computador, a dica é formatar sempre no padrão FAT 32.Ele é usado por todos os computadores para leitura, portanto, compatível com qualquer SO. O padrão também utiliza menos espaço no USB e é mais veloz, uma vez que utiliza menos operações de escrita no disco.
Já o NTFS, outro padrão também utilizado para a formatação de pendrives, requer o uso de aplicativos de terceiros para rodar no Mac, apesar de poder ser usado no Linux.
Vantagens e desvantagens
Claro que todo e qualquer padrão também possui suas desvantagens. No caso do FAT32, o grande problema é o espaço que você pode usar do sistema. Para dispositivos formatados com esse padrão, é possível inserir arquivos com, no máximo, 4 GB. Isso faz com que a edição de vídeos, por exemplo, se torne quase que impossível, uma vez que o tamanho dos arquivos ultrapassa esse valor.Da mesma forma, o FAT32 deve ser usado em volumes com tamanho máximo de 32 GB. Para usar o padrão em pendrives maiores, é necessário dividir o espaço em partições diferentes, o que pode ser trabalhoso e pouco interessante.
Portanto, se você procura por um padrão que não dê dores de cabeça e possa ser usado em qualquer sistema operacional sem maiores problemas, o FAT32 é a melhor alternativa, apesar das limitações.
Fonte: http://www.tecmundo.com.br/8151-como-formatar-seu-pendrive-para-funcionar-com-o-windows-linux-e-mac.htm
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